Està situada al terme municipal de Berga, a l'extrem oriental de la serra de Queralt, prop del santuari de Queralt. Es va aixecar a la primera meitat del segle xiii, a l'indret on abans s'enlairava l'antic Castell de Madrona. L'accés és per un camí costerut, que surt a l'esquerra del PK 2,300 de la carretera que mena de Berga al santuari de Queralt.
La trobem documentada el 839 a l'acta de consagració de la catedral de la Seu d'Urgell; així com en cartes de donacions el 843 i 890. El 1183, Ramon de Madrona feia constar en les clàusules del seu testament que volia ser enterrat a l'església de Sant Pere de Madrona.
El 1873 es profanà i es restaurà més tard. L'1 de febrer de 1897 és suprimida la parròquia de Sant Pere de Madrona, arran d'una nova distribució d'elles feta al bisbat de Solsona, sent agregada a la de Sant Joan de Berga. El 1943-45 hi ha una segona restauració i el 1965 una altra, aquest cop organitzada pel servei de la diputació de Barcelona.[
Excavació (2007-2010) on es veu el mur del castell de Madrona, al sub-sol de l'església.